1. Nếu thực hiện hủy tờ khai hải quan theo phương thức thủ công sẽ áp dụng như sau:

+ Bước 1: Người khai hải quan đề nghị được phép hủy tờ khai hải quan

+ Bước 2: Cơ quan hải quan xem xét và trả lời về yêu cầu hủy tờ khai đã đăng ký

+ Bước 3: Tờ khai được hủy sẽ được : gạch chéo bằng bút mực, ký tên, đóng dấu công chức lên tờ khai hải quan

+ Bước 4: Tờ khai hải quan sẽ được ghi chú trên hệ thống tình trạng: tờ khai này đã được huỷ;

+ Bước 5:Tờ khai đã hủy sẽ được cơ quan hải quan lưu lại theo thứ tự đăng ký số tờ khai hải quan.

2. Thực hiện hủy tờ khai hải quan theo phương thức điện tử

* Đối với người khai hải quan:

Người khai hải quan sẽ tạo khai thông tin cần hủy tờ khai theo mẫu có sẵn và gửi đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, nhận “Thông báo hướng dẫn làm thủ tục hải quan điện tử” và thực hiện các yêu cầu tại thông báo hướng dẫn

Cần chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ trình nên cơ quan hải quan bản tờ khai điện tử gồm:

Phụ lục từ khai

Phiếu kiểm tra hồ sơ giấy phé

Bản kê chứng từ nếu có

Phiếu kiểm tra hàng hóa nếu trường hợp tờ khai được xác nhận hàng qua khu vực giám sát áp dụng với hàng xuất. Note là đã thông quan hoặc giải phóng hàng , đưa hàng về bảo quản, hoặc cho phép xuất nhập khẩu chuyển cửa khẩu với hàng xuất nhập khẩu bình thường.

* Đối với cơ quan Hải quan sẽ thực hiện như sau:

Tiếp nhận hỗ sơ xin hủy tờ khai hải quan điển tử – phản hồi lại cho người khai hải quan nếu doanh nghiệp không thực hiện thủ tục xin hủy tờ khai ( doanh nghiệp không xin hủy)

+ Hết hạn 15 ngày được cấp số tờ khai hải quan mà không xuất trình hồ sơ với trường hợp cần phải xuất trình hồ sơ hải quan điện tử.

+ Hết hạn 15 ngày đăng ký tờ khai hải quan chưa xuất trình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm tra thực tế để cơ quan Hải quan kiểm tra.

-Cán bô hải quan sẽ kiểm tra dữ liệu tờ khai hủy, đề xuất Lãnh đạo Chi cục và thực hiện việc hủy trên hệ thống.

Đối với trường hợp tờ khai được in xác nhận các trường hợp: “Hàng đã qua khu vực giám sát”, “Thông quan”, “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hóa về bảo quản” hoặc “Hàng chuyển cửa khẩu” đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu sẽ thực hiện thì gạch chéo bằng bút mực (hoặc đóng dấu hủy), ghi ngày, tháng, năm thực hiện hủy, ký tên, đóng dấu, công chức lên tờ khai hải quan điện tử in.

Tờ khai đã hủy vẫn phải lưu lại để làm căn cứ đối chứng trong trường hợp xuất hiện phát sinh nếu có/.