Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

Thông tư 99/2016/TT-BTC - Hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT

Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng ban hành ngày 29/06/2016. Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng.

Thông tư 84/2016/TT-BTC hướng dẫn thủ tục thu nộp ngân sách nhà nước đối với các khoản thuế và thu nội địa

Công văn 18832/BTC-TCT hướng dẫn mới nhất về hoàn thuế Giá trị gia tăng

Điểm mới của Thông tư 26/2015/TT-BTC về thuế GTGT

THÔNG TƯ
HƯỚNG DẪN VỀ QUẢN LÝ HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006; Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 20/11/2012; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Ngân sách nhà nước số 83/2015/QH13 ngày 25/6/2015 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Nghị định số 215/2013/NĐ-CP ngày 23/12/2013 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Chương I

QUY ĐỊNH CHUNG

Điều 1. Phạm vi điều chỉnh

1. Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

2. Hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính.

3. Hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 và đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 13 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Điều 2. Đối tượng áp dụng

1. Người nộp thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng.

2. Cơ quan quản lý thuế gồm:

a) Tổng cục Thuế, Cục Thuế, Chi cục Thuế;

b) Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan, Chi cục Hải quan.

3. Vụ Ngân sách nhà nước - Bộ Tài chính.

4. Kho bạc nhà nước, Kho bạc nhà nước cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Kho bạc nhà nước cấp quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh.

5. Cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân khác liên quan đến việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 3. Nguyên tắc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

2. Việc giải quyết hoàn thuế được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật, theo trình tự, thủ tục quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 (sau đây gọi là Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11) và khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế (sau đây gọi là Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

3. Áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro trong việc giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 2 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 (sau đây gọi là Luật số 106/2016/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

4. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng và thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế.

Điều 4. Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm do Quốc hội quyết định.

2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng và điều hành chi hoàn thuế giá trị gia tăng trong phạm vi dự toán ngân sách đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

3. Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng để chi hoàn cho người nộp thuế theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 5. Cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng là hệ thống dữ liệu thông tin về người nộp thuế thuộc đối tượng hoàn thuế giá trị gia tăng, là một cấu phần trong hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế. Việc xây dựng, thu thập, xử lý, sử dụng, chia sẻ, lưu trữ, bảo mật thông tin của cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành.

2. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin trong việc thực hiện quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, bao gồm: tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, thông báo kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trao đổi thông tin với các cơ quan liên quan trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 6. Áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Việc đánh giá rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế (sau đây gọi là Thông tư số 204/2015/TT-BTC).

2. Quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

a) Phân loại hồ sơ giải quyết hoàn thuế bao gồm: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định tại khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13; Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế sau đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao.

b) Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, khoản 4 Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP: kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Điều 7. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ hải quan đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế

1. Cơ quan hải quan có trách nhiệm cung cấp thông tin Tờ khai hải quan và các thông tin có liên quan cho cơ quan thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế. Cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về thông tin hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trên Tờ khai hải quan theo quy định về pháp luật hải quan và pháp luật về quản lý thuế.

Trường hợp Tờ khai hải quan không có trên cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan cung cấp, cơ quan thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan có liên quan cung cấp để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế.

2. Trên cơ sở kết quả phân tích, đánh giá rủi ro, yêu cầu về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc qua kiểm tra, phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, hải quan, cơ quan thuế có trách nhiệm cung cấp thông tin vi phạm của người nộp thuế cho cơ quan hải quan để thực hiện việc kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định.

Tổng cục Thuế định kỳ hàng quý vào ngày 20 tháng sau liền kề hoặc đột xuất trong trường hợp cần thiết gửi văn bản đề nghị Tổng cục Hải quan áp dụng tiêu chí phân luồng để thực hiện kiểm tra, giám sát đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện rủi ro cao về hoàn thuế. Văn bản đề nghị phải nêu rõ tiêu chí xác định và phương thức kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu đối với doanh nghiệp; mặt hàng; địa bàn, lĩnh vực hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu phù hợp với quy định của Luật hải quan.

Trong thời hạn chậm nhất 5 (năm) ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản đề nghị của Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan phải áp dụng tiêu chí phân luồng, biện pháp kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu. Trường hợp không áp dụng hoặc có vướng mắc, Tổng cục Hải quan có văn bản trao đổi với Tổng cục Thuế trong thời hạn nêu trên và nêu rõ lý do của việc không hoặc chưa áp dụng.

Điều 8. Áp dụng biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế

1. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.

2. Trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định:

a) Cơ quan thuế có văn bản yêu cầu tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quan cung cấp thông tin (bao gồm cả sổ phụ tài khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền, người thụ hưởng số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng) để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng;

b) Cơ quan thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan cửa khẩu cung cấp thông tin về lượng tiền mặt (ngoại tệ hoặc đồng Việt Nam) mang qua cửa khẩu vào Việt Nam trong thời hạn 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo quy định.

3. Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

4. Quá thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế nhưng cơ quan thuế chưa nhận được kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan nêu tại Điều này thì:

a) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

• Nếu số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.
• Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

Trường hợp cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

b) Trường hợp kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế, cơ quan thuế phải kết thúc kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn quy định. Đối với số tiền thuế đã hoàn đang chờ kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế. Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế xác định số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế thì có quyết định thu hồi số thuế đã hoàn và xử phạt người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 9. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế.

2. Cục Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đề xuất hoàn thuế; thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế trừ trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.

3. Chi cục Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế trực thuộc các Cục Thuế thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, tỉnh Bình Dương, tỉnh Đồng Nai được thực hiện các công việc sau: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đề xuất số tiền được hoàn thuế trước khi chuyển hồ sơ gửi Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Chương II

QUY TRÌNH GIẢI QUYẾT HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 10. Lập và gửi hồ sơ hoàn thuế

1. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm:

• Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính) (sau đây gọi là Thông tư số 156/2013/TT-BTC).
• Các tài liệu khác theo quy định tại các điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

2. Người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lý thuế, lập và gửi hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuế theo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phải là đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kế toán số 88/2015/QH13, khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.

3. Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Cụ thể:

a) Người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp nhận giao dịch hoàn thuế điện tử theo quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày 28/7/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế (sau đây gọi là Thông tư số 110/2015/TT-BTC).

b) Người nộp thuế gửi trực tiếp hồ sơ hoàn thuế bằng giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

4. Người nộp thuế đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì người nộp thuế được khai điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thời điểm có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng.